余树勋，1919年3月23日出生于北京一个旧公务员家庭，父亲在北洋政府农商部任职，负责农业技术指导工作，家境较好，有宽大的庭院。祖母喜爱花草树木，父亲也常于公余时在院里莳花种树，余树勋从小就随家人浇花修树，因此，结下了园艺情结。

小学就读于北京师范附小，该校极重视音乐、美术及劳作课程，这对他以后选学园艺，从事造园有极大影响。余树勋初中毕业时正值日军入侵华北，近逼古北口，故举家随父奉调迁往南京。南京众多的常绿树木和花草使余树勋陶醉，更增强了他学习园艺的决心。1937年高中毕业后即报考了浙江大学园艺系。因日军在上海吴淞登陆，抗日战争全面暴发，南京形势紧张，全家匆匆逃难武汉。到武汉后恰逢广西大学还在招生，遂又报考了广西大学农学系并被录取，随即赴柳州沙塘就读。1938年杭州失陷后，浙江大学迁入广西宜山，与沙塘近在咫尺。经打听得知1937年已被浙江大学录取，尚保留学籍。余树勋学习园艺的念头重又萌生，于是毅然退学，到宜山浙江大学园艺系重新入学。抗战初期的浙江大学在桂黔山区几经辗转，终于在1940年于贵州湄潭安顿下来。尽管困难重重，生活十分艰苦，但余树勋在吴耕民、熊同和等著名教授的悉心教导下，终于1942年暑假学成毕业并获学士学位。

大学毕业后，余树勋经吴耕民教授推荐，应聘到云南大学任助教，并有机会参加曾勉教授主持的果树蔬菜研究工作。1948 年秋，余树勋参加了中国共产党的地下组织，在云大组织讲师会与反动当局进行斗争，并因此被解聘。在组织安排下，余树勋获得越南河内大学互换留学生机会，1949年暑假到河内。当时正值河内解放前夕，无法学习。农学院法籍院长鼓励余树勋到巴黎学习，并愿负责安排乘船和资助一半旅费。甫抵巴黎后，余树勋发现滞留巴黎的中国学生多达5000余人，很难入学就读。后经在丹麦留学的陈俊愉推荐，到丹麦皇家农业大学半工半读。其间得到Georg Georgson教授应允学习造园学，并指定助教Anderson 小姐用英语辅导。这期间，他一边学习，一边在花圃工作，夜间还要将在公园绿地参观及测绘记录整理绘图完成作业。在花圃劳动中，熟悉掌握了很多花卉及树木的习性和栽培技能，取得了宝贵的实践知识。他踏查园林绿地，实际测量记录，更深地掌握设计构思、手法和植物配植与布局的知识，因而心情愉快并很快地就得到Georg Georgson教授的好评。1951年，中国与丹麦建立了大使级外交关系。中国大使馆一成立，余树勋就与使馆取得联系，并利用业余时间，为使馆翻译当地报刊有关新闻评论，收集资料。年底，国家动员留学生回国参加社会主义建设。此时余树勋已基本完成学业，于是立即报名响应。经耿飚同意，取道前苏联西伯利亚回国。在莫斯科停留期间，得以参观大莫斯科园林建设，浏览了俄罗斯及西伯利亚原始森林及自然风光，收获颇大。年底，余树勋回到了阔别近20 年的新中国首都北京。1952年春，余树勋由教育部安排到武汉大学农学院任副教授，同时还受聘担任新建的武昌东湖风景区设计室主任。1957 年调至北京林学院任园林工程教研室主任。1960年国家建设部在武汉建立城市建设学院，余树勋调至该院园林系任副系主任；1964年该院撤销改为中专。应北京植物园主任俞德浚教授之邀，调至中科院植物所北京植物园从事园林科研及建园工作，直至1987年春离休。离休后仍潜心于植物园的建设与花卉、观赏树木等的研究。